Instytut „Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka” współpracuje z wieloma krajowymi i zagranicznymi uczelniami, szpitalami, instytutami oraz przedsiębiorstwami. Celem partnerstw jest rozwój światowej klasy projektów badawczych, które przynoszą korzyści dzieciom leczonym zarówno w naszym Instytucie, jak i poza nim.
Każdego roku Instytut realizuje wiele projektów finansowanych ze środków statutowych, jak i z zewnętrznych źródeł finansowania (Komisja Europejska, Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, Narodowe Centrum Nauki, Ministerstwo Zdrowia, Agencja Badań Medycznych i inne).